В целом, для своего времени ППШ был отличным пистолетом-пулеметом, но у него были объективные недостатки, которые не устраивали ни солдат, ни руководство армии. 

В частности это габариты и масса оружия. С барабаном, ППШ весит 5,3 кг а его длина - 84 сантиметра. Для пистолета-пулемета это очень много. Собственно говоря, пистолет-пулемет Судаева впоследствии принимался на вооружение как более легкая и компактная альтернатива ППШ (а еще более простая в производстве). 

Именно эти параметры и стали причиной того, что на ранних этапах войны разведчики, предпочитали именно немецкие ПП. MP 38/40 на полкило легче ППШ, а со сложенным прикладом еще и порядочно короче. 

А как же маскировка? Она тоже имела место быть, но не в том смысле, в котором вы, наверное, подумали. 

Армейский разведчик - это не шпион, который должен оставаться незамеченным у всех на виду. Они действительно действуют скрытно и, в идеале, никому не попадаются на глаза вообще, собирая информацию о силах противника. 

Тем не менее, ситуации, когда приходится пусть в ход оружие, конечно, случались. Стрельба - дело громкое и пальба из какого-нибудь ППШ в немецком тылу вряд ли останется незамеченной (при стрельбе очередями советский ПП легко выдает себя за счет скорострельности), когда как пальба из MP 40 ни у кого не вызовет подозрений.